David BakkerHet Amerikaanse farmaceutische bedrijf MSD ontving in 2025 maar liefst €922 miljoen aan belastingvoordeel via de Nederlandse innovatiebox. Daarmee staat MSD opnieuw bovenaan de lijst van grootste begunstigden van dit fiscale instrument — een nieuws dat op 13 april 2026 breed werd opgepikt in de Nederlandse media.
Wat is de innovatiebox en hoe werkt die?
De innovatiebox is een Nederlandse fiscale regeling waarmee bedrijven die winst maken uit zelf ontwikkelde innovaties slechts 9% vennootschapsbelasting betalen over die winsten, in plaats van het standaardtarief van 25%. De regeling bestaat al sinds 2007 en moet Nederland aantrekkelijk maken voor R&D-intensieve bedrijven.
MSD profiteert van de regeling via een Nederlandse dochteronderneming die de patentrechten bezit van Keytruda, het succesvolle anti-kankermedicijn dat wereldwijd €27 miljard omzet genereert. Die royalty-inkomsten worden via Nederland geleid, waardoor MSD hier belasting betaalt — en dus ook gebruik kan maken van de gunstige innovatieboxregeling.
Volgens onderzoek van de NRC ging in 2025 maar liefst 90% van de totale Nederlandse innovatieboxkorting — circa €2,9 miljard — naar slechts drie bedrijven: ASML, MSD en Booking.com.
De controverse: innovatie zonder R&D in Nederland?
Het gevoelige punt in dit debat is dat MSD zijn onderzoeksactiviteiten in Nederland de afgelopen jaren aanzienlijk heeft verminderd. Het bedrijf telt nog altijd bijna 4.000 medewerkers in Nederland, maar het overgrote deel van het daadwerkelijke medicijnenonderzoek vindt elders plaats — voornamelijk in de Verenigde Staten.
Critici stellen dat de innovatiebox bedoeld was om Nederlandse onderzoeksinvesteringen te stimuleren, maar in de praktijk grote multinationals beloont die via slim belastingadvies hun intellectueel eigendom in Nederland onderbrengen. Voorstanders wijzen erop dat de aanwezigheid van MSD wél werkgelegenheid en kennisoverdracht oplevert, ook al is de directe R&D beperkt.
De Belastingdienst verstrekte geen commentaar op individuele gevallen, maar bevestigde dat MSD aan de wettelijke voorwaarden voldoet.
Wat kunt u als ondernemer leren van de MSD-zaak?
De innovatiebox is niet alleen weggelegd voor grote multinationals. Ook Nederlandse mkb-ondernemers en startups die eigen software, octroooien of technologische innovaties ontwikkelen, kunnen in aanmerking komen. De regeling is echter complex, en veel ondernemers laten geld liggen doordat ze de voorwaarden niet kennen of de aanvraagprocedure te ingewikkeld vinden.
De belangrijkste voorwaarden voor de innovatiebox:
- U heeft een S&O-verklaring (Speur- en Ontwikkelingswerk) van RVO
- De winst is toerekenbaar aan uw zelf ontwikkelde immateriële activa (software, patent, knowhow)
- U heeft een nexus-ratio: de mate waarin uw bedrijf daadwerkelijk R&D uitvoert, bepaalt welk deel van de winst in de box valt
Aanvragen voor de innovatiebox verloopt via uw aangifte vennootschapsbelasting. Het loont om ruim van tevoren te beginnen en goed te documenteren welke activiteiten als R&D kwalificeren.
Wijzigingen in belastingregels: politieke druk neemt toe
De MSD-zaak voelt politieke discussie aan over de toekomst van de innovatiebox. Linkse partijen in de Tweede Kamer pleiten al langer voor aanscherping van de nexus-vereisten, zodat alleen bedrijven die daadwerkelijk in Nederland onderzoek doen kunnen profiteren. Rechtse partijen benadrukken het vestigingsklimaat-argument.
Volgens de Belastingdienst zijn er op dit moment geen aangekondigde wijzigingen in de basisstructuur van de innovatiebox voor 2026. Toch is het verstandig voor ondernemers die nu al gebruik maken van de regeling — of dit overwegen — om een financieel of fiscaal adviseur in te schakelen. Wijzigingen in de nexus-berekening of de S&O-systematiek kunnen grote gevolgen hebben voor uw belastingpositie.
Uw belastingpositie laten doorlichten?
Of u nu groot of klein bent: de regels rond innovatiebelasting, de innovatiebox en R&D-aftrek zijn complex en veranderen regelmatig. Een financieel planner of belastingadviseur kan beoordelen of uw activiteiten kwalificeren, welke documentatie u nodig heeft en hoe u de regeling optimaal benut.
Via ExpertZoom vindt u gecertificeerde belastingadviseurs en financieel planners die u persoonlijk kunnen begeleiden — of het nu gaat om een eerste verkenning of een volledige belastingoptimalisatiestrategie. Lees ook ons artikel over de box 3-herzieningsplannen van staatssecretaris Heinen voor meer context over recente fiscale ontwikkelingen in Nederland.
Disclaimer: Dit artikel geeft algemene informatie over de innovatiebox en belastingregels in Nederland. Het vormt geen fiscaal of financieel advies. Raadpleeg een gekwalificeerd belastingadviseur voor advies op maat.
Hoe MSD €4 miljard aan belastingen bespaarde in zes jaar
De cijfers zijn indrukwekkend. Sinds 2019 heeft MSD via de innovatiebox ruim €4 miljard aan vennootschapsbelasting bespaard. In 2025 alleen al ging het om €922 miljoen — een bedrag dat vergelijkbaar is met de volledige begroting van sommige middelgrote Nederlandse gemeenten.
Ter vergelijking: in 2024 betaalde een gemiddeld Nederlands mkb-bedrijf met een belastbare winst van €100.000 ruim €25.000 vennootschapsbelasting. De innovatiebox kan dat bedrag bij innovatieve bedrijven meer dan halveren.
Wat opvalt in de MSD-casus: de royalty-inkomsten uit Keytruda stromen via een Nederlandse IP-holdingmaatschappij. Deze structuur is legaal en wordt veel gebruikt door internationale farmaceuten, techbedrijven en softwarebedrijven die hun intellectueel eigendom in belastinggunstige jurisdicties onderbrengen. Nederland is een populaire locatie omdat het een combinatie biedt van stabiel rechtssysteem, uitgebreid belastingverdragennetwerk en de innovatiebox.
Wat verandert er mogelijk in 2027?
In de Voorjaarsnota 2026 werd gesuggereerd dat het kabinet de nexus-toets voor de innovatiebox wil aanscherpen, waardoor bedrijven moeten aantonen dat het percentage daadwerkelijk in Nederland uitgevoerd R&D evenredig is aan het voordeel dat ze claimen. Voor bedrijven die louter IP in Nederland stallen maar elders onderzoeken, zou dit een forse verkleining van het belastingvoordeel betekenen.
Definitieve wetgeving is nog niet gepubliceerd, maar ondernemers die sterk afhankelijk zijn van de innovatiebox doen er verstandig aan nu al een risicoscan te laten uitvoeren door een fiscaal adviseur.
